A profecia de Miyako havia sido realizada. Uma tragédia envolvendo Takashi e Akira causa o despertar do Nº 28, destruindo toda Neo-Tokyo. Os sobreviventes observavam incrédulos as ruínas do que um dia foi a capital do Japão… 42 dias depois da catástrofe causada por Akira, na área oeste das ruínas de Neo-Tokyo, havia surgido uma potência chamada de Grande Império de Tokyo, no qual Akira era idolatrado como o “Grande Despertado”, e Tetsuo imperava com demonstrações públicas de seu poder. Qual o rumo que o Japão irá tomar?!