Edens Zero centra-se em torno de Shiki Granbell, um órfão que é criado por animatronics sensíveis em um deserto do parque temático no Sakura Cosmos. O parque é visitado por dois aventureiros do espaço, Rebecca e sua companheira de gatos, Happy , que Shiki faz amizade enquanto eles estão lá gravando vídeos para o de compartilhamento de vídeos B-Cube. Chegando ao fim da vida útil da bateria, os robôs forçam um Shiki complacente a sair com Rebecca e Happy encenando uma tentativa de matar os três e roubar a espaçonave de Rebecca, salvando Shiki de ficar sozinho no planeta. Após isso, Shiki se junta a Rebecca e Happy em sua guilda de aventureiros, Shooting Starlight, para explorar o universo em busca da deusa suprema conhecida por "Mãe" .